يتم إحداث مخابر البحث بالمعهد بقرار من وزير الفلاحة وباقتراح من رئيس مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي بعد اخذ رأي كاتب الدولة لدى الوزير الأول المكلف بالبحث العلمي والتكنولوجيا ورأي هيئة التقييم والوطنية أو القطاعية المعنية بالأمر ورأي المدير العام للمعهد وذلك لغرض إنجاز المهام الموكولة إليها طبقا لأحكام الأمر عدد 939 لسنة 1997 المؤرخة في 19 ماي 1997 المشار إليه أعلاه.

• 1/مخبر الوسط الطبيعي الغابي

 دراسة النباتات المحلية ذات الاهمية ودورها في الحماية البيئية وكذلك كيفية استغلالها الاجتماعي والاقتصادي (Eco-socio-économique)  حسب المناخات المتميزة بها البلاد التونسية 
-   المناخ الرطب وشبه الرطب وقعت دراسات في ما يخص شجرة الفلين  (Chêne liège)  من حيث تاقلمها ودورها الفعال في الميدان الغابي لما توفره من حماية البيئة  وتوفير الخفاف والعلف للحيوانات.
-   اما في المناخ الشبه الجاف فقد تميز بوجود شجرة الصنوبر الحلبي  (Pin d’alep)   ودورها كذلك البيئي و الاقتصادي وكذلك النظر في اهمية موائد الحلفاء ضمن وسط بيئي حساس يتأثر بسرعة بالعوامل المناخية وتدخلات الإنسان والاستغلال الغير منظم.
ونظرا لتفاعلات العوامل الطبيعية والاستغلال المفرط والرّعي الجائر الناتج أساسا عن الصبغة العقارية لمنابت الحلفاء فقد ظهرت تأثيرات سلبية على تطور مساحتها وتتمثل في الانقراض والتقلص التدريجي من المساحات الجملية على مدى القرن الأخير.كل هذه الإجراءات التنظيمية والترتيبية تعكس الإرادة الواضحة للحفاظ على هذه الثروة الطبيعية الهامة نظرا لتعدد أدوارها الاقتصادية والاجتماعية والبيئية والاستثمار الغابي عموما.
أما من الناحية البيئية فان منابت الحلفاء تلعب دورا أساسيا في المحافظة على التوازن البيئي وهي تمثل ملجأ هاما للثروة الحيوانية البرية وصيانتها من الانقراض هذا بالإضافة إلى دورها المحوري في مقاومة التصحر.
وهذا لا يستثني أن هناك سير نحو التصحر لذلك ركزنا على انشاء المحميات الطبيعية و دراسة النباتات المهددة بالانقراض. أن ظاهرة التصحر تبرز في المناطق التي تتوفر على توازن بيئي ضعيف، ويساهم في إحداثه تأثير الفترات المناخية الحاسمة، والضغط المتزايد للسكان و الحيوانات.   
وللحد من تأثيرات العناصر التي تساهم في تدهور ثروتنا من هذه المنابت واضمحلالها وتعزيزا لدورها الاقتصادي والاجتماعي والبيئي.
- غير أن العناية بالبحوث والدراسات و التعليم في مجال حماية البيئة والمراعي وتحسين إنتاجيّتها وديمومتها وتنميتها لم تبلغ بعد الأهداف المنشودة بصفة عامة.
-  دراسة النباتات الطبية و شبه الطبية.
-  دراسة تاثير التغييرات المناخية في هذا الميدان قمنا بعدة دراسات بالنسبة لكل النباتات الطبيعية و المحلية ذات الاهمية.
  نظم الإنتاج  في المناطق الريفية، تقوم أساسا على  الزراعة الأحادية  التي غالبا ما تكون  غير مستدامة  وغير منتجة، لا سيما في المناطق القاحلة  وشبه  القاحلة .  لهذا تنصب الأشغال التي نقوم بها على :
* استخدام أنواع  متعددة الأغراض (غابية، شبه  الغابات ، علفية  ورعوية)  في الغاباتو  خارج  الغابات وفق انماط زراعية، تكون فيها الشجرة العنصر الرئيسي، تراعي الخصائص البيئية للمنطقة و تحقق  اضافة في الإنتاج و ديمومته.
* العمل على تبني  الأنماط الناجحة من قبل المزارعين  بالإرشاد لتبليغ مكتسبات البحوث في هذا الميدان

• 2/مخبر الهندسة الريفية:

تقديم
تم إنشاء مخبر الهندسة الريفية بالمعهد الوطني للبحوث في الهندسة الريفية والمياه والغابات (GR / INRGREF ) في عام 2000 لدعم السياسة الوطنية في مجالي إدارة وتخطيط موارد المياه والتربة. وقد تم تطوير برنامج المخبر على إثر تحديد مواضيع جديدة ذات أولوية، وذلك لمراعاة الاحتياجات المستجدة من الجهات الفاعلة في التنمية. ومن هذا المنطلق، أسند الدور الرئيسي في هذه المهمة لهياكل بحث أحدثت لمعالجة القضايا المسجلة في عدة قطاعات وخلق آليات لربط الأنشطة البحثية بقضايا التنمية المستدامة .
يضم مخبر الهندسة الريفية فرق متعددة التخصصات من الباحثين لهم إشعاعهم الوطني والدولي. وتتكون هذه الفرق من (18 ) باحث و ( 4) مهندسين أساسيين (وقت كامل) و (5 ) أساتذة جامعيين وخبراء معاونين.

كلمات مفاتيح:
المياه، أنظمة الري ، وعلم المياه، المحافظة على المياه و التربة، جيولوجيا المياه والهندسة الريفية و البيئة، كيمياء المياه والتربة ، فيزياء التربة، الاقتصاد الفلاحي، الطاقات المتجددة والميكنة الفلاحية .

الأهداف :
تتمثل الأهداف الرئيسية للمخبر في:
• إيجاد المعارف العلمية و الابتكارات في مجال تثمين المياه الفلاحية والتربة و الاستفادة المثلى من التقنيات الآلية ؛
• المساهمة في التكوين ونشر المعلومات العلمية والتقنية ؛
• فهم وتحليل استراتيجيات الفاعلين في مجال التنمية و دعم السياسات الفلاحية الوطنية .

البرامج البحثية
يشتمل مخبر الهندسة الريفية على أربعة برامج بحثية :
• برنامج 1 : التصرف في المناطق السقوية.
• البرنامج 2 : استغلال ودعم المائدة المائية.
• البرنامج 3 : علم المياه و المحافظة على المياه والتربة
• البرنامج 4 : الميكنة الفلاحية
تضاف إلى ذلك المشروعات البحثية لكل برنامج
مواضيع البحث :
تتركز مواضيع البحث في مخبر الهندسة الريفية على :
• أداء نظم الري
• تقنيات الري والكفاءة الاقتصادية الفلاحية.
• تقييم مخاطر انجراف التربة
• تقييم أداء الضيعات الفلاحية
• الابتكار في النظم الفلاحية
• الإدارة المندمجة لموارد المياه و التربة
• التصرف في المياه الجوفية وتثمينها
• الدعم الاصطناعي للمائدة المائية
• مقاربة النظم ونمذجة تدفق المياه الجوفية
• تحسينات مستجمعات المياه المائية الفلاحية
• الأشكال الجديدة لتلوث المياه والتربة

• تثمين الطرق المميكنة في الفلاحة البعلية والمروية من حيث الإنتاج والطاقة 
• تثمين الطاقات المتجددة في المناطق الريفية
• دراسة عمليات تحلية المياه بالطاقة المتجددة لأغراض الري.
• تحسين نجاعة تقنيات رش المبيدات
التعاون الوطني والدولي :
يسعى مخبر الهندسة الريفية لتطبيق المقاربة التشاركية لإشراك الفلاحين والمسؤولين على التنمية في المستويين الجهوي والوطني، ومعاهد البحث والمعاهد التقنية بوصفها الواجهة الفنية. ويوفر المخبر كذلك فضاء مناسبا لتبادل الأفكار ولوضع مناهج جديدة تلبي احتياجات كل الفاعلين في الميدان:

• المؤسسات العمومية التابعة لوزارة الفلاحة، والمؤسسات التقنية، والمنظمات المهنية: CRDAs ، DG / ACTA ، DG / GREE ، INGC ،DG/REE ، CTPTA ، SMVDA ، UTAP .
• المؤسسات الوطنية و الدولية للتعليم العالي والبحث العلمي: INRAT ، ISSTE برج السدرية، ISSTEG قابس، ESA مقرن، ESIER  مجازالباب، ISA شط مريم، ENIT ، INAT ، ENIS ، INSAT ، ISSBAT ،  كليةالعلوم بنزرت (تونس)، جامعة بجاية(الجزائر)، جامعة قسنطينة (الجزائر)، جامعة القاضي عياض بمراكش(المغرب)، جامعة فاس (المغرب)، UPC ، CSIC سرقسطة (إسبانيا)، جامعة روان Rouen (فرنسا)، جامعة مونبلييه2 Montpellier II (فرنسا)، BRGM (فرنسا)، جامعة كالياري Cagliari (إيطاليا)، جامعة لوند Lund (السويد)؛ FUSAG (بلجيكا)، INIA ، ISA ، LNEC (البرتغال)، TU براونشفايغ(Braunschweig )، جامعة فلوريدا (الولايات المتحدة الأمريكية).
• هياكل البحث الدولية: منظمة الأغذية والزراعة  FAO ، برنامج الأمم المتحدة الإنمائي UNDP ،  AIEA ، IPTRID ، IRD ، USAID ، GIZ ، DAAD ، AOAD ، OSS ، AUF ، EUC ، ICARDA ، ACSAD IRSTEA ، CIRAD ، INRA ، فرنسا، CIHEAM ، CIGR .

• 3/مخبر التصرف في الموارد الغابية و تثمينها :

تقديم المخبر
يعمل مخبر التصرف في الموارد الغابية و تثمينها على تنفيذ انشطة البحث العلمي و التطوير التكنولوجي في مجال الموارد الغابية، و ذلك في اطار الأولويات الوطنية التي يضبطها المخطط التنموي و البرامج الوطنية التى تحددها الأطراف المعنية.
اضافة للأنشطة البحثية الأساسية يقوم المخبر بإنجاز انشطة البحث التنموي و تقديم استشارات فنية ذات علاقة بالقطاع الاجتماعي و الاقتصادي.
كلمات دالة
تهيئة الغابات، علم الحراج، حرائق الغابات، علم الحشرات، علم الأمراض، تكنولوجيا الخشب، تثمين المواد الغابية غير الخشبية، علم الإحصاء علم الجغرافيا المتعددة الأبعاد (أو الجغرافيا الرقمية)، الاقتصاد الغابي.

أهداف برنامج البحث

تتلخص أهداف برامج البحث لمخبر البحوث "التصرف في الموارد الغابية و تثمينها" فيما يلي:

• تحسين تقنيات التصرف و حماية المنظومات الغابية.
• تطوير و تثمين استعمال الخشب المحلي و المواد الغابية غير الخشبية.
• تقديم معايير تقنية و ادوات اقتصادية تهدف الى تثمين المنتجات و الخدمات الغابية.

برنامج البحث

يحتوي مخبر "التصرف في الموارد الغابية و تثمينها" على برنامجين اثنين و ثلاث مشاريع بحث :

برنامج بحث 1. التصرف في الفضاءات الغابية

• مشروع بحث 1.1. انتاج و تهيئة الغابات
• مشروع بحث 2.1. حماية الغابات

برنامج بحث 2.  تثمين المنتجات و الخدمات

• مشروع بحث 1.2. تطوير نماذج و أدوات من أجل انتاج أمثل للمواد و الخدمات الغابية.

محاور البحث

• تربية أشجار الغابات،
• تكاثر الأنواع المحلية للأشجار الغابية ،
• احصاء و وضع نماذج رياضة لنمو و انتاج الأشجار الغابية،
• الوقاية الصحية للغابات،
• تهيئة و حماية الغابات من الحرائق،
• التصرف في موارد الأتربة الغابية و تثمينها،
• المحافظة علي التنوع البيولوجي داخل المنظومات الغابية،
• تكنولوجيا الخشب،
• تثمين المواد الغابية غير الخشبية،
• الخدمات الغابية في مواجهة التغيرات المناخية،
• تقييم اقتصادي للمنتجات و الخدمات الغابية،
• تطوير نماذج اقتصادية من اجل تصرف مندمج في الغابات.

التعاون

• علي المستوي الوطني
• مخابر و وحدات البحث بالمعهد الوطني للبحوث في الهندسة الريفية و المياه و الغابات.
• كليات التعليم العالي.
• مدارس التعليم العالي الفلاحي (المعهد الوطني للعلوم الفلاحية، المعهد العالي للعلوم الفلاحية بشط مريم، المعهد العالي للعلوم الفلاحية بالكاف، معهد الغابات و المراعي بطبرقة).
• مؤسسات التنمية (الإدارة العامة للغابات، ديوان تنمية الغابات و المراعي بالشمال الغربي،...).
• شركات خاصة.
• علي المستوي الدولي
• فرنسا.
• المغرب
• البرتغال.
• اسبانيا.
• ايطاليا.

• 4/مخبر بحث في تثمين المياه غير التقليديية:

مقدمة
أنشئ المخبر في جويلية 2007 تحت اسم "إدارة المخاطر البيئية في الزراعة المروية"، ثم مددت صلاحياته في سياق إعادة هيكلة مخابر ووحدات البحث تحت اسم "تثمين المياه غير التقليدية"
تندرج محاور البحوث ضمن الأولويات الوطنية وتشمل أساسا:

• تثمين المياه الغير تقليدية أي المياه المالحة والمياه المستعملة المعالجة
• تطوير الزراعة المروية
• دراسة إستراتيجية الاقتصاد في مياه الري وذلك باعتبار الظروف المناخية الحالية والتغيرات المناخية المنتظرة.

تنجز كلّ الدراسات في مختلف المواضيع من قبل فريق متعدد التخصصات باعتماد بحوث أفقية تخص منظومة الماء والتربة والنبات، والغلاف الجوي.
مجالات النشاط العلمي
الموارد المائية والبيئة: المحافظة عليها و تطويرها
الكلمات المفتاحيّة
المياه المستعملة المعالجة، الحمأة، المياه المالحة، علوم التربة والمياه، فيزيولوجيا النبات، علم الأحياء الدقيقة، العلوم الزراعية، علم المناخيات الإحيائية – الري.
مهمة المخبر
من خلال بحث أفوقي، تتجه أنشطة مخبر تثمين المياه غير التقليدية إلى تنمية طرائق جديدة تمكن من الحصول على إنتاج جيد كما وكيفا مع المحافظة على الموارد الطبيعية والبيئة وذالك في مجال استعمال المياه الغير تقليدية.
الأهداف
تتمثل الأهداف الرئيسية لمخبر تثمين المياه غير التقليدية في:
- العمل على التقليل من المخاطر البيئية المتعلقة بالري بالمياه المالحة أو المياه المستعملة المعالجة أو تخصيب الأراضي الزراعية بالحمأة
- ضمان الإنتاج مع سلامة الجودة     
- الاحتياط والحد من تدهور الموارد الطبيعية.
- المحافظة على استدامة الأنظمة الإنتاجية مهما كانت الخصوصيات المناخية للجهات
برامج البحوث
تكتسي البحوث التنموية جانبا هاما من أنشطة المخبر والتي تتمحور حول موضعين أساسيين:
البرنامج1: تثمين المياه المستعملة المعالجة والحمأة في الفلاحة باِعتبار الخاصيات الزراعية والمناخية التونسية
البرنامج 2: تثمين المياه المالحة في الري - تقييم وإدارة المخاطر المناخية
مواضيع البحوث
تتمحور أنشطة المخبر حول استخدام المياه المستعملة المعالجة والمياه المالحة في الفلاحة، تحديد الاحتياجات المائية للمحاصيل ومع إمكانية تأثرها بالتغيرات المناخية. من أهم المحاور المتداولة بالدرس:
- دراسة خصائص المياه المستعملة والحمأة بتونس
- تقييم القدرة المخصبة للمياه المستعملة المعالجة و الحمأة
- دراسة تغيرات وحركة المواد المعدنية الثقيلة المتأتية من المياه المستعملة المعالجة ومن الحمأة في المحيط الزراعي
- تقييم وإدارة مخاطر تسمم النبات عند استعمال المياه المستعملة المعالجة و الحمأة في الفلاحة
- تقييم مخاطر التلوث البكتيري والطفيلي للتربة والمزروعات المروية بالمياه المستعملة المعالجة أوالمخصبة بالحمأة
- دراسة بقاء ومصير الملوثات الجرثومية المتأتية من المياه المستعملة المعالجة ومن الحمأة في المحيط الزراعي
- تشخيص تقنيات بسيطة لتحسين جودة المياه المستعملة المعالجة ودراسة تأثير استعمالها في الري على المحيط البيئي الزراعي
- اقتراح بعض البدائل لتثمين المياه المستعملة المعالجة و الحمأة
- استصلاح الأراضي الملوثة من خلال  نباتات شديدة الإمتصاص للمعادن الثقيلة.
- تطوير تثمين الري بالمياه المالحة من خلال بحوث ملائمة وتشاركية جهويّة.
- البحث عن طرائق التكيف ومقاومة الملوحة وتشخيص مؤشرات انتقاء الأصناف
- إدارة مخاطر تدهور الأتربة
- الحد من تأثير الملوحة من خلال منهجية بيولوجية ومائية
- إدارة الري و تقدير الاحتياجات المائية للمحاصيل
- دراسة الخصائص ونمذجة حركة المياه ونقل الأملاح في منظومة تربة- مائدة جوفية.
- تقييم وإدارة مخاطر التغيرات المناخية
- نمذجة حركية المياه والطاقة في منظومة تربة- نبات- الغلاف الجوي
- دراسة الأراضي الزراعية حول المناجم القديمة

الشراكة
تنجز أنشطة المخبر في إطار برامج بحوث وطنية ودولية للبحث وتشمل التدريب و التدريس و التأطير وذلك بالتعاون مع:

• شركاء  وطنيون في البحث:المعهد الوطني للبحوث الزراعية بتونس، المعهد الوطني للزراعة بتونس، كلية العلوم بتونس و ببنزرت INRST, ESIER,  l'ISSBAT, l'ISSTE-Borj Cédria, ESAC, ESAM, ENIT, IO, CRRCO, CRRAB, CRRA Sidi Bouzid …

- شركاء وطنيون في التنمية: الإدارة العامة للهندسة الريفية واستغلال المياه،  الإدارة العامة للمحافظة والتهيئة الترابية، الإدارة العامة للموارد المائية، الإدارة العامة للإنتاج النباتي، وكالة الإرشاد والتكوين الفلاحي، المندوبيات الجهوية للتنمية الفلاحية، الديوان الوطني للتطهير، الإتحاد التونسي للفلاحة والصيد البحري، المركز الدولي لتكنولوجيا البيئة بتونس

• - شركاء دوليون: المركز العربي لدراسات المناطق الجافة والأراضي القاحلة (ACSAD )، المركز الدولي للزراعة الملحية (ICBA )، معهد البحث للتنمية (IRD )،  المنظمة الألمانية للتعاون الفني (GIZ )، جامعةPorto بالبرتغال، جامعة Vigo   بإسبانيا ، جامعة Santiago بالشيلي، جامعة لياج (Université de Liège )، مركز البحوث الزراعية ببلجيكا (CRA-Gembloux ) ،ONGs ، المدرسة العليا للمناجم (Ecole des mines de Saint Etienne ).