يدير المعهد مدير عام تتم تسميته طبق لأحكام الأمر عدد 1904 لسنة 2000 المؤرخ في 24 أوت 2000 المشار إليه أعلاه ويقوم بالمهام الموكولة إليه بالأمر المذكور.

مجلس الإدارة :

يرأس المدير العام مجلس إدارة المعهد الذي يتركب من:

• ممثل عن وزارة الفلاحة: عضو
• ممثل عن وزارة المالية : عضو
• ممثل عن وزارة التنمية الاقتصادية : عضو
• ممثل عن وزارة البيئة والتهيئة الترابية : عضو
• ممثل عن وزارة الصحة العمومية : عضو
• ممثل عن كاتب الدولة للبحث العلمي والتكنولوجيا: عضو
• أربع شخصيات من الميدان العلمي والاقتصادي والاجتماعي مشهود لهم بالكفاءة والخبرة في ميدان البحث في الهندسة الريفية والمياه والغابات.يتم اقتراحهم من قبل رئيس مؤسسة البحث والعليم العال يالفلاحي بعد أخذ رأي المدير العام للمعهد : أعضاء
• خمسة ممثلين لأعوان البحث المعهد منتخبين حسب تراتيب تضبط بقرار مشترك من وزير الفلاحة كاتب الدولة لدى الوزير الأول المكلف بالبحث العلمي والتكنولوجيا: أعضاء.
• ممثل عن جامعة العلوم والتقنيات والطب بتونس : عضو
• ممثل عن رئيس مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي : عضو
• الكاتب العام للمعهد : مقرر

ويمكن لرئيس مجلس الإدارة أن يدعو كل شخص، نظرا لكفاءته، لحضور جلسات المجلس برأي استشاري.

ويتم تعيين أعضاء مجلس إدارة المعهد بمقتضى مقرر من وزير الفلاحة باقتراح من الوزارات والهيئات المعنية.

وتعهد كتابة المجلس إلى الكاتب العام للمعهد

يجتمع مجلس إدارة المعهد طبقا لإحكام الأمر عدد 938 لسنة 1997 المؤرخ في 19 ماي 1997 المشار إليه أعلاه ويقوم بالمهام الموكولة إليه بالأمر المذكور.

مع مراعاة أحكام الأمر عدد 507 لسنة 1993 المؤرخ في أول مارس 1993 المشار غليه أعلاه ، يسمى الكاتب العام طبقا لأحكام الأمر عدد 938 لسنة 1997 المؤرخ في 19 ماي 1997 المشار غليه أعلاه يقوم بالمهام الموكولة إليه بالآمر المذكور

الكاتب العام :

ويمكن أن يساعد الكاتب العام كاتب أول وكاتب مؤسسات تعليم عالي وبحث فغلاحي تتم تسميتهما باقتراح من وزير الفلاحة طبقا لأحكام الآمر عدد 517 لسنة 1991 المؤرخ في 10 أفريل 1991 المشار إليه أعلاه.