علاوة على أعمال البحث المنجزة على المستوى المركزي يدير المعهد أعمال بحث داخل وحدات فلاحيه جهورية تشجع تطوير البحث المتأقلم والبحث التنموي على مستوى الجهات وذلك في إطار التنظيم الجهوي للبحث المنصوص عليه بالأمر عدد 999 لسنة 1995 المؤرخ في 5 جوان 1995 المشار غليه أعلاه

ولهذا الغرض فإن وحدات التجارب الفلاحية مكلفة خاصة:

• بالمساهمة في تثمين نتائج البحث
• بالمساهمة في إدماج نتائج البحث في القطاع الاقتصادي والاجتماعي.

وتضبط وحدات التجارب الفلاحية وكذلك ميادين نشاطها بمقرر من وزير الفلاحة باقتراح من المدير العام للمعهد بعد اخذ رأي رئيس مؤسسة البحث والتعليم العالي الفلاحي.

ويسير وحدات التجارب الفلاحية رؤساء وحدات تقع تسميتهم من قبل وزير الفلاحة باقتراح من المدير العام للمعهد بعد اخذ رأي رئيس مؤسسة والتعليم العالي الفلاحي من بين مديري البحث الفلاحي والصيد البحري أو أساتذة البحث الفلاحي والصيد البحري أو المكلفين بالبحث الفلاحي والصيد البحري أو الذين لهم رتب معادلة.