L'institut est dirigé par un Directeur Général nommé conformément aux dispositions du décret n° 2000-1904 du 24 août 2000. Il assure les missions qui lui sont dévolues par ledit décret. Il est assisté par un conseil d'administration et un secrétaire général.

Le Directeur Général préside le conseil d'administration de l'institut qui comprend:

• un représentant du ministère de l'agriculture et des ressources hydrauliques: membre.
• un représentant du ministère des finances: membre.
• un représentant du ministère de développement économique: membre.
• un représentant du ministère de l'environnement et de l'aménagement du territoire: membre.
• un représentant du ministère de la santé publique : membre.
• un représentant ministère de la recherche scientifique, de la technologie et du développement des compétences: membre.
• quatre personnalités du monde scientifique et socioéconomique connues pour leur compétence et leur expérience dans le domaine de la recherche, du génie rural, des eaux et des forêts. Elles sont proposées par le président de l'institution de la recherche et de l'enseignement supérieur agricoles après avis du Directeur Général de l'institut : membres.
• cinq représentants du personnel de recherche de l'institut, élus selon des modalités fixées par arrêté conjoint du ministre de l'agriculture et des ressources hydrauliques et du ministre de la recherche scientifique, de la technologie et du développement des compétences: membres.
• un représentant de l'université des sciences, des techniques et de médecine de Tunis Il: membre.
• un représentant de l'institution de la recherche et de l'enseignement supérieur agricoles.
• le secrétaire général de l'institut: rapporteur.

Le président du conseil d'administration peut faire appel à toute personne, en raison de sa compétence, pour assister aux réunions du conseil, avec avis consultatif.

Les membres du conseil d'administration de l'institut sont nommés par décision du ministre de l'agriculture et des ressources hydraulique sur proposition des ministères et organismes concernés.

Le secrétariat du conseil est assuré par le secrétaire général de l'institut.

Le conseil d'administration de l'institut se réunit, conformément aux dispositions du décret n° 97-938 du 19 mai 1997 susvisé, et assure les missions qui lui sont dévolues par ledit décret.