Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition en matière de politique scientifique de l'établissement. Il est à caractère consultatif et exerce les missions prévues par l'article 3 du décret n° 97-938 du 19 mai 1997, à savoir:

• Donner son avis sur toutes les questions relatives à la politique scientifique de l'établissement et notamment les programmes de recherche à entreprendre;
• Proposer la création, la suppression et la transformation des laboratoires de recherche et des unités de recherche;
• Suivre les activités de recherche de l'établissement. A cette fin, le directeur général de l'établissement met à la disposition des membres du conseil scientifique un rapport annuel des activités des différents laboratoires et unités de recherche de l'établissement un mois au moins avant la réunion du conseil relative à l'objet;
• Proposer les activités de valorisation et d'application des résultats de recherche et des activités d'information et de documentation scientifique;
• Proposer les activités de perfectionnement professionnel qu'il juge nécessaires;
• Donner son avis sur les propositions de convention de coopération scientifique;
• Exprimer les besoins des différentes structures de l'établissement en personnel scientifique et technique;
• Examiner les versions définitives des rapports scientifiques de l'établissement.
  Le directeur général peut saisir le conseil de toute question relative à l'activité de recherche de l'établissement.

Le conseil scientifique est composé comme suit :

• le directeur général de l'institut : président.
• le secrétaire général de l'institut : rapporteur.
• les chefs des laboratoires de recherche ou, à défaut, les chefs des unités de recherche : membres.
• le chef de l'unité de valorisation des résultats de recherche : membre.
• le chef de l'unité d'information et de documentation scientifique : membre.
• les chefs des unités d'expérimentations agricoles : membres.
• Quatre représentants du personnel de recherche de l'institut national de recherches en génie rural, eaux et forêts élus selon des modalités fixées par arrêté conjoint du ministre de l'agriculture et du secrétaire d'Etat auprès du premier ministre chargé de la recherche scientifique et de la technologie : membres.
• six personnalités scientifiques du monde universitaire et de la recherche scientifique et du secteur socio-économique choisies en raison de leur compétence et de leur expérience dans les domaines ayant un rapport avec les missions de l'institut .elles sont désignées par le ministre de l'agriculture sur proposition du président de l'institution de la recherche et de l'enseignement supérieur agricoles après avis du directeur général de l'institut : membres.

Le conseil scientifique se réunit sur convocation de son président trois fois par an au moins, pour débattre des questions inscrites à l'ordre du jour de la réunion proposé par le directeur général. Les convocations sont adressées au moins quinze jours avant la tenue de la réunion. Les réunions du conseil ne sont valables que si la moitié de ses membres au moins sont présents. A défaut, il est procédé dans les huit jours, à une nouvelle réunion que le conseil peut tenir valablement quel que soit le nombre des présents.

Outre ses sessions ordinaires, le conseil scientifique de l'institut tient une session annuelle d'évaluation des activités scientifiques de l'établissement. A cet effet, outre les membres prévus, le directeur général de l'institut peut inviter à cette session de deux à quatre personnalités scientifiques extérieures en raison de leur compétence dans les domaines d'activités de l'institut, avec avis consultatif.