Outre les travaux de recherche réalisés à l'échelle centrale, l'institut conduit des travaux de recherche dans des unités d'expérimentations agricoles régionales qui favorisent la promotion de la recherche adaptative et de la recherche-développement à l'échelle des régions, et ce, dans le cadre de l'organisation régionalisée de la recherche, prévue par le décret n° 95-999 du 5 juin 1995.

A cet effet, les unités d'expérimentations agricoles sont chargées notamment de :

• participer à la valorisation des résultats de la recherche,
• participer à l'insertion des résultats de la recherche dans le domaine économique et social,

Les unités d'expérimentations agricoles ainsi que leurs domaines d'activité sont fixés par décision du ministre de l'agriculture et des ressources hydrauliques sur proposition du directeur général de l'institut, après avis du président de l'institution de la recherche et de l'enseignement supérieur agricoles.

Les unités d'expérimentations agricoles sont dirigées par des chefs d'unités nommés par le ministre de l'agriculture et des ressources hydrauliques sur proposition du directeur général de l'institut, après avis du président de l'institution de la recherche et de l'enseignement supérieur agricoles, parmi les directeurs de recherche agricole et de pêche, les maîtres de recherche agricole et de pêche, les chargés de recherche agricole et de pêche ou grades équivalents.